Муҳофаза этиладиган табиий ҳудудлар (МЕТҲ) бутун дунёда биологик хилма-хилликни сақлашнинг муҳим марказлари ҳисобланади. Қўриқхоналар ва миллий боғлар ходимларининг вазифаси ўсимлик ва ҳайвонларнинг генетик фондини сақлаш, илмий-тадқиқот ишларини олиб бориш, муҳофаза этиладиган ҳудудларнинг ўсимлик ва ҳайвонот дунёсини браконьерлардан ҳимоя қилишдир.

Экология, атроф-муҳитни муҳофаза қилиш ва иқлим ўзгариши вазирлиги тасарруфидаги муҳофаза этиладиган табиий ҳудудларнинг умумий майдони 6,321 миллион гектарни (мамлакат ҳудудининг 14,08 фоизини) ташкил этади. Муҳофаза ҳудудлари тизимига қуйидагилар киради: 7 та давлат қўриқхонаси, 1 та миллий боғ, 12 та табиий боғ, 11 та давлат табиат ёдгорлиги, 12 та қўриқхона, 2 та биосфера резервати ва 1 та ихтисослаштирилган питомник – «Жайрон» экомаркази.

Бу ҳудудларда Ўзбекистон Қизил китобига киритилган 102 турдаги умуртқали ҳайвонлар ва 280 турдаги ўсимликлар рўйхатга олинган.